Sonic, Knuckles, dan Tails bersatu kembali melawan musuh baru yang kuat, Shadow, penjahat misterius dengan kekuatan yang belum pernah mereka hadapi sebelumnya. Dengan kemampuan mereka yang tak tertandingi dalam segala hal, Tim Sonic harus mencari aliansi yang tidak terduga dengan harapan dapat menghentikan Shadow dan melindungi planet ini.