Paddington melakukan perjalanan ke Peru untuk mengunjungi Bibi Lucy tercinta, yang sekarang tinggal di Rumah Pensiunan Beruang. Dengan Keluarga Brown di belakangnya, petualangan mendebarkan pun terjadi ketika sebuah misteri menjerumuskan mereka ke dalam perjalanan tak terduga melalui hutan hujan Amazon dan hingga ke puncak gunung Peru.